Уголовное дело по ч. 6 ст. 290 УК РФ (получение должностным лицом взятки в особо крупном размере) в отношении Баранкина следователи возбудили в январе 2025 года по материалам УФСБ России по Красноярскому краю. В СК считают, что в 2017 году фигурант обратился к своему знакомому, директору неназванной компании, и предложил передавать ему взятки за «содействие в организации систематического заключения контрактов» и побед в конкурсах на поставку медизделий. Правоохранители полагают, что с 2017 по 2022 год ФСНКЦ и компания таким образом заключили 85 контрактов.
По версии следователей, Баранкину удалось получить порядка 16,5 млн рублей, которыми он позднее якобы распорядился по своему усмотрению. На следующий день после задержания, 15 января, правоохранители сообщили о попытке Баранкина совершить суицид в изоляторе временного содержания. После госпитализации фигурант находился в коме. Из-за состояния здоровья суд не смог избрать ему меру пресечения. В начале февраля Центральный районный суд Красноярска удовлетворил ходатайство следствия и заключил Бориса Баранкина под стражу до 18 марта, теперь срок продлен до 18 мая.
Управление СК РФ по Красноярскому краю и Хакасии в феврале 2023 года возбудило два уголовных дела в отношении представителей руководящего звена ФСНКЦ ФМБА. Как считали следователи, начальник отдела и заведующая аптекой получили взятки в размере 3,8 млн рублей за оказание предпочтения конкретному поставщику медицинских изделий и оборудования. В ноябре того же года суд приговорил заведующую и одного из фигурантов к 5,5 годам колонии строгого режима и штрафу в размере 1,9 млн рублей.
Бориса Баранкина уволили с поста директора ФСНКЦ в марте 2023 года, а спустя несколько месяцев отправили под домашний арест. Следователи уточняли, что с осени 2018 по весну 2021 года он вместе с директором ФСНКЦ по страховой и внебюджетной деятельности, заведующей аптекой и работником коммерческой организации мог подменять лекарства, заказанные для нужд пациентов за счет ОМС, на иные препараты.
Ущерб от предполагаемых действий фигурантов следователи оценили в 15,5 млн рублей. Расследование этого уголовного дела завершилось в марте 2024 года. В СК уточнили, что на данный момент дело в отношении Баранкина рассматривает суд.
