В феврале 2023 года Управление СК РФ по Красноярскому краю и Хакасии возбудило два уголовных дела в отношении руководящего звена ФСНКЦ ФМБА. Начальник отдела и заведующая аптекой, по версии следователей, получили взятки (3,8 млн рублей) за оказание предпочтения конкретному поставщику медизделий и оборудования. В ноябре суд приговорил заведующую и одного из фигурантов к 5,5 годам колонии строгого режима и штрафу в размере 1,9 млн рублей.

В марте 2023 года Баранкина уволили с поста директора ФСНКЦ, а в мае отправили под домашний арест. По версии следствия, с осени 2018 по весну 2021 года он вместе с директором ФСНКЦ по страховой и внебюджетной деятельности, заведующей аптекой и работником коммерческой организации мог подменять лекарства, заказанные для нужд пациентов за счет ОМС, на иные препараты. Сотрудники СК оценили ущерб от преступных действий фигурантов в 15,5 млн рублей. В марте 2024 года расследование дела было завершено. По информации СК, на данный момент дело в отношении Баранкина рассматривается судом.

В отношении Бориса Баранкина в начале 2025-го возбудили еще одно уголовное дело – его обвинили в получении взятки в особо крупном размере. По версии следствия, с 2017 по 2023 год Баранкин в общей сложности получил свыше 16,5 млн рублей. Фигуранта отправили в изолятор, где он попытался совершить суицид, после чего впал в кому. После появления этой информации родственники Бориса Баранкина рассказали красноярским СМИ, что не верят в это.

Информагентство ТАСС 16 января со ссылкой на неназванный источник в правоохранительных органах сообщило, что Борис Баранкин вышел из комы. Однако 18 января Главное следственное управление СК РФ по Красноярскому краю и Хакасии информировало, что подозреваемый до сих пор находится в коме. Позднее, 22 января, газета РБК писала, что СК проверит информацию о попытке Баранкина покончить с собой. Со ссылкой на ведомство, РБК сообщала, что фигурант находится в сознании и его состояние стабильно.