В феврале 2023 года Управление СК РФ по Красноярскому краю и Хакасии возбудило два уголовных дела в отношении руководящего звена ФСНКЦ ФМБА. По версии следователей, начальник отдела и заведующая аптекой получили взятки (3,8 млн рублей) за оказание предпочтения конкретному поставщику медизделий и оборудования. В ноябре суд приговорил заведующую и одного из фигурантов к 5,5 годам колонии строгого режима и штрафу 1,9 млн рублей.

В мае под домашний арест отправили и Бориса Баранкина. Следователи утверждают, что с 1 сентября 2018 по 11 мая 2021 года он вместе с директором ФСНКЦ по страховой и внебюджетной деятельности, заведующей аптекой и работником коммерческой организации мог подменять лекарства, заказанные для нужд пациентов за счет ОМС, на иные препараты. Ущерб сотрудники СК оценили в 15,5 млн рублей.  В марте 2024 года расследование дела было завершено. По информации СК, на данный момент дело в отношении Баранкина рассматривает суд.

В ИВС Баранкин попал после того, как в начале 2025 года стал фигурантом еще одного уголовного дела. Бывшего гендиректора обвинили в получении взятки в особо крупном размере. По версии следствия, с 2017 по 2023 год Баранкину удалось получить в общей сложности более 16,5 млн рублей. В изоляторе он попытался покончить с собой и впал в кому.

Информагентство ТАСС 16 января со ссылкой на неназванный источник в правоохранительных органах сообщало, что Борис Баранкин вышел из комы и его жизни ничего не угрожает. Однако 18 января Главное следственное управление СК РФ по Красноярскому краю и Хакасии информировало, что подозреваемый до сих пор находится в коме.