По данным помощника прокурора Центрального района Новосибирска Оксаны Толстых, суд установил, что в период с 2015 по 2019 год Евгений Покушалов совместно с другими фигурантами дела – бывшим директором НМИЦ Александром Караськовым, его супругой, руководителем организационно-клинической службы центра Ириной Бойцовой и руководителями нескольких компаний – создал для семи юрлиц условия для победы на аукционах по закупке медицинских товаров по госконтрактам на общую сумму более 7,8 млрд рублей. Всего организованной группой было похищено 1,9 млрд рублей.
Покушалова признали виновным по ч. 4 ст. 160 УК РФ (растрата с использованием своего служебного положения). Приговор в законную силу не вступил.
Замдиректора НМИЦ им. Е.Н. Мешалкина сотрудники ФСБ задержали в феврале 2019 года, в апреле он был переведен из СИЗО под домашний арест. Уголовное дело начали рассматривать в Центральном районном суде Новосибирска в середине июля 2021 года, Покушалов признал вину и раскаялся.
Фигуранты дела в конце 2019 года перечислили Минздраву Новосибирской области свыше 960 млн рублей в качестве компенсации за нанесенный ущерб, после чего Евгений Покушалов заключил с прокуратурой досудебное соглашение о сотрудничестве и был отпущен под подписку о невыезде в феврале 2020 года. Позднее его дело было выделено в отдельное производство, а дело в отношении Караськова, Бойцовой и топ-менеджеров ГК «Клатона» Александра Сорокина и Евгения Первушина 19 октября 2021 года решением Центрального районного суда Новосибирска было возвращено в региональную прокуратуру «для устранения препятствий его рассмотрения судом».
В марте 2021 года Советский районный суд Новосибирска по иску прокуратуры изъял недвижимость Евгения Покушалова. В доход государства изъяли квартиру за $1,28 млн в районе Бруклин (Нью-Йорк, США). Спустя несколько месяцев Новосибирский областной суд выдал постановление о конфискации еще одной квартиры, расположенной в США. Объект стоимостью $1,3 млн принадлежал компании One Hanson Place 16G LLC, совладельцем которой является Покушалов.
Во время выступления с последним словом Евгений Покушалов просил суд снизить категорию тяжести преступления и в случае обвинительного приговора избрать наказание, не связанное с лишением свободы.
«Сказал, что для него, как человека, посвятившего жизнь науке, произошедшее – огромная личная трагедия, он все потерял. Отметил, что его достижения признаны во всем мире, что он имеет высшую награду в области науки, ему важно продолжить профессиональную деятельность», – подчеркнула Оксана Толстых.