Минфин предложил сократить расходы по разделу «Национальная экономика» на 414,7 млрд рублей, по разделу «Здравоохранение» – на 28,6 млрд рублей, а также по ЖКХ – на 10,5 млрд рублей. Сократятся расходы по силовому разделу «Национальная безопасность и правоохранительная деятельность» на 14,8 млрд рублей. 

Сокращены расходы на реализацию «отдельных поручений президента и правительства» – с 330 млрд до 175 млрд рублей. Крымскую госпрограмму лишат 15,6% финансирования, некрупная госпрограмма развития фармацевтики в 2016 году недосчитается 37% расходов.

При этом ассигнования по разделу «Национальная оборона» увеличиваются относительно действующего закона о бюджете на 10,3 млрд рублей. Также увеличатся расходы в закрытой части (секретные и совершенно секретные ассигнования), почти на 680 млрд рублей. 

Как отметили в РБК, в проекте есть девять секретных приложений и два совершенно секретных. В 2015 году засекреченные расходы в разделе «Национальная оборона» составили 67%, в разделе «Национальная экономика» – 7%, в разделе «Образование» – 4,3%, «Здравоохранение» – 3,6%, «Культура» – 0,1%.

В ходе Международного инвестиционного форума «Сочи-2016» министр здравоохранения РФ Вероника Скворцова сообщила, что бюджет ведомства в 2017 году, за исключением статьи об инвестициях, не будет сокращен.