Согласно указу, научно-экспертный совет осуществляет научно-методическое и экспертно-аналитическое обеспечение деятельности Совбеза РФ и его рабочих органов. Решения такого совета носят рекомендательный характер. Положение о научно-экспертном совете должно утверждаться президентом. Он же обладает полномочиями создавать, реорганизовывать и упразднять его. Председателем совета является секретарь Совбеза. В настоящий момент это Сергей Шойгу.
Функциями совета среди прочего является контроль за деятельностью его комитетов, которые занимаются оценкой текущего состояния нацбезопасности, прогнозированием внутренних и внешних угроз, а также подготовкой предложений по их нейтрализации. Кроме того, в ведение комитетов входит подготовка предложений в адрес Совбеза по совершенствованию госполитики по обеспечению нацбезопасности, разработка инициатив по вопросам нацпроектов и федеральных программ, проведение экспертизы проектов нормативных правовых актов и другие аспекты.
Утративший силу президентский указ №1807 о создании научного совета при Совбезе подписан в 1993 году. Последние корректировки в него вносились в апреле 2024 года. Тогда в состав совета вошли замглавы Минздрава РФ Андрей Плутницкий и директор Департамента науки и инновационного развития здравоохранения Игорь Коробко. Кроме того, в числе его членов были утверждены глава Роспотребнадзора Анна Попова, академик – секретарь отделения медицинских наук РАН Владимир Стародубов, директор Центра стратегического планирования ФМБА Сергей Юдин, заместитель президента Российской академии образования Геннадий Онищенко и советник ректората РНИМУ им. Н.И. Пирогова Сергей Румянцев, присутствовавшие и в прошлом составе совета.
В июне 2024 года Владимир Путин подписал указ, согласно которому руководство деятельностью ФМБА теперь осуществляет Президент России (с января 2020 года ФМБА подчинялось Правительству РФ, а до этого было в ведении Минздрава). Тогда же Путин переназначил Веронику Скворцову на должность руководителя ФМБА. Указ о назначении замруководителя ФМБА Николая Лишина подписан в середине октября.
