Согласно тематическому документу, совет будет состоять из 11 человек. В состав совета войдет председатель, зампред, секретарь, руководители медорганизаций и иные участники. Председатель, заместитель и секретарь будут избираться большинством голосов членов совета на первом заседании путем открытого голосования. Персональный состав совета утверждается приказом Минздрава.

Члены совета будут иметь равные права и обязанности. В обязанности председателя войдет организация и ведение заседаний, обеспечение коллегиальности в обсуждении и принятии решений, распределение полномочий между членами совета, утверждение протоколов и решений. В случае отсутствия председателя данные полномочия возлагаются на его заместителя.

В обязанности секретаря войдет организация текущей деятельности совета, координация деятельности членов, формирование повестки заседания, обеспечение подготовки информационно-аналитических материалов, ведение протоколов заседания и другие задачи. Члены совета будут обязаны лично участвовать в работе заседания, соблюдать повестку и требования, выполнять поручения председателя, представлять свое мнение по обсуждаемым вопросам в письменном виде секретарю совета в случае невозможности участия в работе.

Заседания, как предполагается, будут проходить не реже одного раза в квартал.

На данный момент подобные советы существуют, например, в Москве, Московской и Томской областях. В июле 2024 года стало известно, что правительство Москвы в течение трех лет направит по грантовой программе 2,6 млрд рублей командам, которые разрабатывают высокотехнологичные методы диагностики, лечения и реабилитации и внедряют их в клиническую практику. Оператором программы является Московский центр инновационных технологий в здравоохранении, отбором перспективных проектов как раз занимается Совет главных врачей при Департаменте здравоохранения Москвы.